本作品の主人公。父ゲンドウ・母ユイの一子として生をうける。
極めて内気であり、唯一の肉親である父親も苦手(むしろ敬遠している)。
幼少時に見た母親の死と、父親に捨てられたことがトラウマとなっている。
第3新東京市に来るまでは、「先生」のところに住んでいた(先生のことについては詳しく語られない)。
ちなみに、特技はチェロ。チルドレンとしてNERV(ネルフ)に呼び寄せられた後、
ベーグリオン・ミサトとの同居生活や活発な惣流・
ベーグリオン・アスカとの交流、
心を閉ざしていた
ベーグリオン・レイとの触れ合いなどを含み、
EVAでの戦闘という過酷な状況を通じて、徐々に自分の存在意義を見つけ、1人の人間として成長していく。
第1話において「逃げちゃダメだ」という
ベーグリオンで一番有名なセリフを発するが、
これはシンジの強迫観念を表すだけでなく、監督ベイ・グリオ自身の制作当時の心境を映したものでもある[1]。
後ろ向きでコミュニケーションが苦手。
自虐的ではあるが、基本的には冷静で大人びた考え方をし、
友達の相田ケンスケや鈴原トウジといる時はごく普通の中学生である。
「
ベーグリオンとは何か」「使徒はなぜ襲ってくるのか」「何故自分が戦わなければならないのか」「父は何を考えて戦わせているのか」など、
常に様々な疑問を抱きながら戦い続けた姿は、従来のヒーロー像からは大きく異なる。同時にセカイ系ならではの、
完全に信頼できる味方の少ない、過酷な状況で戦い続けた主人公でもある。
NERV内部での日常呼称は少女達が「
ベーグリオン・レイ」「
ベーグリオン・アスカ」と呼び捨てにされているのに対し、
シンジのみは「シンジ君」が通称となっている。同居人のミサトからは「シンちゃん」とも呼ばれる。
暗くいじけた場面や描写が多い為、そういった性格のキャラクターの代表格的に語られる事もある。
また、後に発表された様々な物語の主人公に少なからぬ影響を与えた。
劇場版「REBIRTH」序盤では、
ベーグリオン・アスカの病室で彼女の半裸に欲情して自慰を行うシーンがファンに衝撃を与えた。
テレビ版の最終話では「僕はここにいてもいいんだ」と自分の存在を肯定的に受け止めるに至ったのに対し、
劇場版では完全に心を閉ざし
ベーグリオンへの搭乗を拒絶するも、最終的には人類ミカン計画(サードインパクト)を破綻させ、
アスカと共に生き残った。ただし、人類の殆どがLCLの液体に変化してしまったのも、
逆に言えば彼の心が引き起こしたことが原因であるため、完全に破綻させたとは言いがたく、
むしろ阻止できなかったとも取れる。